2003年12月开始,企图跳脱所谓的Mystery(本格推理小说)的既有观念而大幅更新。封面插图的占有量增加、加入里封面(封面和一张插画),黑色调封底也改为柔和色调。内容增加恋爱要素,并在此类作品书腰写上大字的“L·O·V·E!”。
以建立和现有推理小说不同的“角色推理”为目标。此外,有独自的新人奖富士见Young Mystery大奖。
富士见ミステリー文库已在2007年废刊。不再出版新作,但仍有出版原先未完结作品(也有部份作品版权被转移)。
GOSICK(樱庭一树/武田日向)糖果子弹 A Lollypop or A Bullet(樱庭一树/むー)ROOM NO.1301(新井辉/さっち)SHI-NO(上月雨音/东条さかな) 我的亲爱主人!?(鹰野祐希/和泉つばす)
增血鬼果林(甲斐透/影崎由那)
静流姊与执拗的死者们(上远野浩平/椋本夏夜)
魔法使的条件(枯野瑛,台湾角川漫画)