经省厅批准成立11个职能科室、14个工程项目办、11个收费站和1个群众组织,内设机构分别是:党委办公室、人事科(团委)、纪检监察科、安全监督科、财务科、收费稽查科、行政办公室、成都办事处、总工办、工程养管科、征地拆迁协调办公室和工会组织。按照省厅党组部署,2017年5月31日全面取消了政府还贷二级公路收费,平稳完成了撤销二级公路收费站点改革任务,全处工作全面转入交通基本建设管理。