清嘉庆甲戌(1814)李书吉、王恺重修《澄海县志·卷之九寺观》载曰:“丹砂寺。在城东北15里,程洋岗小虎丘山麓,明成化间建,后为倭寇焚毁。天启甲子僧真闻重建,崇正(应作“祯”)间乡宗伯黄锦、御史陈良弼重修,后毁。国朝顺治十七年庚子(1660)僧得源募建,更观音殿为藏经阁。康熙初迁斥,又毁。十九年庚申(1680)邑绅杨钟岳帅僧如广募修,知县王岱题额山门。内旧有元帝楼,二十三年甲子(1684)邑诸生郑焞等重修,移神像于藏经阁,改祀文昌。乾隆二十六年辛巳(1761)僧照赋重修后殿及僧房。
古寺所在位置,是小虎丘山之西麓。初创时属道教,称“紫霄楼”,香火源自道教圣地武当山。明成化十三年建成,在此传授武当拳,成为潮汕的道教宗观。壬寅十八年(1482)续建,后遭倭寇焚毁。明天启四年甲子(1624)起由僧释真闻重建,改称“丹砂古寺”,成为释、道、儒三结合之圣地。又历经数次兴废,1922年重修。原有厢房花圃、藏经阁、磨针亭、磨针井、演武厅、月旦堂等,规模宏大,建筑面积2500平方米(今存1335平方米) 全寺坐东向西,依山而建,建筑面积约1千平方米,今分前、中、后座,并配两厢。