曾任中央党史研究室第三研究部副主任、科研管理部主任。
2003年7月21日,在中央政治局第六次集体学习会上讲解《党的思想理论与时俱进的历史考察》。
2009年任中央党史研究室室务委员、秘书长。
2011年任中央党史研究室副主任。
原中共中央党史研究室副主任兼秘书长、中共中央党史研究室室务委员、研究员,中国中共党史学会常务理事、秘书长,中国中共党史人物研究会、中国中共文献研究会常务理事,中国国际交流协会理事。
主要从事中共党史和党史人物研究。主要承担中央交办的《中国共产党历史》、《中国共产党简史》等重要著作的编写和修改任务,以及其他重点项目的研究和管理工作。已发表文章数十篇,出版《毛泽东之路——民族救星》、《红军长征史》、《张国焘》、《大转折——中共十一届三中全会实录》、《延安整风实录》等著作。学术成果曾获“国家图书奖”、“国家图书奖提名奖”、中共中央宣传部“五个一工程”奖、“中国图书奖”等奖项。获国务院颁发的政府特殊津贴。入选“新世纪首届百千万人才工程国家级人选”。
2018年3月至2019年中央党史和文献研究院院务委员会委员(副部长级)。
第十三届全国政协文化文史和学习委员会委员。[1]
2019年,中央党史和文献研究院“领导成员”网站显示,张树军已不再担任中央党史和文献研究院院务委员会委员(副部长级)。[2]