1975年6月至1978年3月,在江苏省新沂县唐店公社插队知青。
1978年3月至1982年1月,南京药学院药学系学习,获理学学士学位。
1982年至1991年,在成都制药一厂工作,先后担任技术员、车间主任、技术科科长、厂长助理。
1991年至2000年,在四川省医药管理局工作,历任主任科员、副处长、处长;(期间,1994年10月至1996年10月挂职任四川省纳溪县副县长。)
2000年05月,任四川省药品监督管理局副局长、党组成员。
2003年06月,调国家食品药品监督管理局工作,历任食品安全协调司司长、食品安全监管司司长、药品安全监管司司长。
2011年06月,任国家食品药品监督管理局信息中心主任(正局级)、党委书记。
2012年08月,任国家食品药品监督管理局副局长、党组成员。[1]
2013年04月,任国家食品药品监督管理总局党组成员。
2014年06月,任国家食品药品监督管理总局党组成员、药品安全总监。
2015年07月,任国家食品药品监督管理总局副局长、党组成员、药品安全总监。[2]
2016年02月,任国家食品药品监督管理总局副局长、党组成员、药品安全总监、信息中心主任(兼)。
2017年04月至2018年02月,任国家食品药品监督管理总局副局长、党组成员、药品安全总监。[3]
2018年03月至2023年03月,任中国人民政治协商会议第十三届全国委员会教科卫体委员会副主任。[4][5]
现任中国药学会理事长。
中国人民政治协商会议第十三届全国委员会委员
2018年2月,国务院任免国家工作人员:免去孙咸泽的国家食品药品监督管理总局副局长职务。[3]
2009年,时任国家食品药品监管局食品安全协调司司长的孙咸泽因三鹿奶粉事件受到行政记过处分。[6]