1995年秋,住岛重工旗下专门负责开发部门的子公司P. Fleck采用时间轴压缩理论开发出了能够穿越时空的巨大机器,被命名为“克洛诺斯·旅人”,正式名为“物质过去射出机”。但是通过重复的实验发现“克洛诺斯·旅人”拥有巨大的缺点。虽然能够回到过去,但却无法长时间停留,而且返回的时候并非回到现在,而是被弹飞到未来。P. Fleck开发三课所属的吹原和彦暗恋着上班路上的花店中工作的蕗来美子。在终于与她约好要一起吃饭的不久后,她所工作的花店被转满化学药品的油罐车撞上,蕗来美子也因此而死。吹原和彦为了拯救蕗来美子而坐上时间机器,却迎来时间之神克洛诺斯的考验……