美国支持的现政府上台后,开始重新发展阿富汗的国家军事力量,成立了两个正式分支,分别是“阿富汗国民军”及“阿富汗空军”。国民军是中央政府主要的军事力量,空军则只有少量飞机。多支民兵队伍在国内活跃,有些听命于中央政府,不过仍有很多民兵队伍(包括忠于塔利班和阿盖达的那些)对中央政府及外国部队怀有敌意。
国民军主要由美国负责训练,现时已组成31营,其中28营可投入战斗。他们虽然拥有一些重型武器,但坦克及装甲车不足。有些更高级的军队编制已成立,但他们的作用成疑。大多数的营在美军的监督下执行任务。在2006年1月,国民军总人数约35000人,另外每月大约招募了3000新兵加入。早期的国民军面对严重的逃兵问题,现在已有改善。
空军正在重建中,现时实际力量不大,可以操作一些Mi-17及Mi-24直升机以及AN-24运输机,维修人员正在培训中。空军人数约3600人,其中450人是驾驶员,当中大部份在共产时代受训。
虽然已有协议安排民兵由中央政府控制,不过很多民兵队伍仍由部落领袖控制,甚至有些仍忠于塔利班和阿盖达。很多民兵队伍惯于见风转舵,转换阵营的事屡有发生。
直至2005年7月,全国各地有超过60000名前民兵已解除武装,中央政府收缴了许多重型武器。