南矶山湿地国家级自然保护区位于江西境内的鄱阳湖主湖区南部,是赣江三大支流的河口与鄱阳湖大水体之间的水陆过渡地带。自然保护区内有南山、矾山两个小岛,合称南矾山。江西省人民政府于1997年批准建立了“江西南矶山省级自然保护区”。2003年至2004年,南昌市人民政府开展了“南矶山自然保护区综合科学考察暨申报晋升国家级自然保护区项目”,并得到WWF和GEF资助。2008年1月14日,国务院正式批准南矶山为国家级自然保护区,批准后的南矶山自然保护区更名为 “鄱阳湖南矶湿地国家级自然保护区”。
该保护区属内陆湿地与水域生态系统类型,主要保护对象为赣江入湖口湿地生态系统以及鸟类和鱼类资源。环保部门认为,江西南矶山湿地国家级自然保护区的设立,扩大了鄱阳湖列入国家级自然保护区的面积,有助于这一我国最大淡水湖的生态保护。引
该保护区总面积达3.33万公顷。区内动植物资源丰富,植物资源有115科,304属,443种;动物资源有浮游动物62属111种,底栖动物8科62种,水生昆虫11目40科168 种,鱼类6目14科43属58 种,其中江湖洄游型鱼类占40%,两栖动物1目5科11种,爬行动物3目10科23种,哺乳动物7目12科22种。
保护区处于东亚-澳大利亚水鸟迁飞线路之中,是重要的水鸟越冬地和中继站,在候鸟保护上具有国际意义。2003至2004年期间,在区内统计到205种鸟类,其中有白鹤、白头鹤等国家Ⅰ级保护鸟类4种,国家Ⅱ级保护鸟类24种,猛禽15种。水鸟有89种,栖息高峰时约二十余万羽,有16种水鸟种群数量超过国际重要湿地的标准。引
该保护区所处的赣江口与鄱阳湖交汇的河口三角洲湿地是典型的内陆河口湿地,在全球具有高度代表性,亦是世界同纬度地区保存完好的湿地生态系统之一。保护好南矶山湿地,对于构建鄱阳湖生态安全格局,维护区域生物多样性,以及保障长江中下游地区生态安全均具有重大意义。