1926年12月28日,北伐军攻下武昌后,武汉国民政府对教育进行重大改革,将原国立武昌大学、国立武昌商科大学、湖北省立医科大学、湖北省立法科大学、湖北省立文科大学、私立武昌中华大学等合并而建立国立武昌中山大学,另有国立北京中俄大学和上海大学部分师生并入。校址分设3处,称为中山大一院、二院、三院,一院在原地处紫阳湖畔、蛇山之麓、武昌城内、长江之滨的东厂口国立武昌大学校址,为校本部,学生近2000人。1927年2月,学校正式开学。1927年11月28日,按国民政府教育部令,各中山大学依省份改名,国立武昌中山大学改名为国立第二中山大学。1927年12月,学校被国民党军警勒令解散,校产交湘鄂临时政府暂管。
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大学院(相当于研究院,在没有毕业生前暂不设立)文科:中国文学系、外国文学系、教育学系、社会历史学系、哲学系、俄国文学系理科:数学系、物理学系、生物学系、化学和地质矿物学系法科:政治学系、法律学系、俄文法政学系商科:经济学系、商业学系医科:医学系、药学系预科:文科部、理科部
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学校实行大学委员会制,废除校长制。大学委员会总揽校务,下设教务处、行政处、督察处等行政机构。学校一切组织遵循民主集中制的原则。
国立武昌中山大学筹备委员会委员:邓演达、董必武、戴季陶、郭沫若、徐谦、顾孟余、章伯钧、李汉俊、周佛海国立武昌中山大学委员会(第一届)委员:徐谦(主任委员)、顾孟余、李汉俊、章伯钧、周佛海继任:张西曼、曾昭安、詹大悲
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教师李达,1927年任教于国立武昌中山大学,1955年选聘为中国科学院院士(学部委员)。哲学家,后任武汉大学校长。陈望道,1927年任教于国立武昌中山大学,1955年选聘为中国科学院院士(学部委员)。中国当代语文学家和教育家。
学生罗荣桓,中华人民共和国元帅,1927年4月入学。吴宗鲁,国立武昌中山大学学生会负责人,1927年转入。1928年1月4日被反动政府杀害于汉口济生路阅马场。被江苏省人民政府于1992年追认为革命烈士。