还有很多未被成功培养的种类是和真核宿主共生的,包括一些原生生物的外共生菌和线虫动物配子中的内共生菌。
疣微菌疣微菌门生物中的疣微菌属(Verrucomicrobium)和突柄杆菌属(Prosthecobacter)具有胞质突出形成的两个到多个突起,因此得名。它们通过二分分裂繁殖。它们的最近类群可能是衣原体门。