最终圣战

黑暗已经离我们远去，当大古不再变成光，当那句“所有的人类都可以凭借自己的力量变成光。”已经成为告别黑暗的一刻时，当有情人终成眷属，当最后的一刻的留念成为永恒。人类似乎真的相信，和平时代已经来临了。

然而，就在迪迦奥特曼打败邪神加坦杰厄，为人类夺得光明的两年后，TPC国际和平组织的一项新的计划，又在将世界推向一个新的黑暗中去……

在迪迦奥特曼消失两年时间内， TPC内部和平派和主战派之间的矛盾越来越明显。为了补充战斗力，TPC秘密开始了F计划，目的在于利用迪迦之地残留下的奥特曼的石像碎片，研究奥特战士的力量，使得这种力量为人类所使用，打击一切外来侵略者。超古代遗迹露露耶，是迪迦与加坦杰厄进行最终决战的战场，因此被TPC作为F计划的考察研究对象。

为了稳定大局同时出于科学家的探索之心，胜利队的居间队长主动请缨作为随行研究人员之一跟随考察队到遗迹进行勘察；同时TPC高层决定利用大古和丽娜的婚礼来化解矛盾。

在调查过程中，居间队长由于身上有3000万年前的地球警备团团长幽怜的基因从而感知到考察队发现的实际是黑暗界的三大巨人的石像（卡蜜拉，达拉姆和希特拉），因而准备炸掉石像以免后患，但是被阻止，这三个在3000万年前被迪迦封印的三名黑暗的巨人复苏了，调查小组除了居间队长无一生还。 达拉姆和希特拉放出了大量的邪恶魔鸟——小型佐加，企图使世界的天空再度笼罩灭亡的黑暗。 此时，居间队长体内的幽怜（又译幽莎蕾）的基因苏醒了，她放出了类似于迪迦之地金字塔一样的结界，封锁了遗迹，挡住了佐加与三大黑暗巨人的去路，随后又继续沉睡过去。

考察队失去联络一星期，胜利队副队长宗方带领新城和崛井前去调查情况，但因大批佐加的阻挠导致未能进入遗迹。

另一方面，与丽娜一起旅行恋爱的大古，在遗迹事件发生后，经常会出现很离奇的梦和幻觉（曾梦见与丽娜的婚礼上所有的来宾都变成了卡蜜拉的人间体）。旅行结束后，大古在与丽娜、野瑞及新城的妹妹真由美一起来到海洋馆游玩（丽娜去看自己的海豚朋友），接下来的交谈中大古谈到了自己正在发婚礼请柬，不料耳中又响起卡蜜拉的声音，大古随后看到了卡蜜拉笑着问他为何不给她一份请柬，继而三名黑暗的巨人和无数佐加幼鸟前来摧毁城市，大古想要去阻止，但是想起来自己已经不再是迪迦奥特曼了，这时他却在地上看到了一个黑色的神光棒，为了救人也只能使用神光棒变身，但是他没想到变身成了黑暗迪迦；惊讶中，卡蜜拉带着三个黑暗巨人出现，大古顿时迷茫起来；就在这时，他听到一个拿着红气球的小女孩的求救声，黑暗迪迦一开始想要帮助小女孩，可小女孩害怕的尖叫声使黑暗迪迦内心变得十分暴躁，最后一拳朝小女孩打了下去，只有一个气球慢慢飘起。

画面一转，还是城市破坏前的场景，大古发现原来什么都没有发生，而这其实只是卡蜜拉制造的幻境，顿时开始迷茫起来；察觉到大古异样的丽娜询问大古为何老是发呆，大古不耐烦地打断了她，但随后完全清醒过来并道歉。

与此同时，在胜利队做完报告并得出勘察失败的结论后，TPC内部公布了F计划并就其合理性展开会议；会上，F计划的提出者南云一度无视上司吉冈局长的警告和泽井总监的权威不加节制地责骂和平派及胜利队不懂时局和F计划的必要性，最后双方不欢而散。

晚上，大古又和丽娜一起去坐摩天轮，却又听到了卡蜜拉的声音，大古发现对面坐的人竟然是卡蜜拉，并叫出了卡蜜拉的名字，丽娜听到后十分不满，非常生气地跑走了，大古怎么解释也没用。

黑暗迪迦黑暗神光棒在TPC内部，所有的高层最终达成一致：炸毁遗迹以免局面进一步恶化。胜利队无奈只得接受命令。当晚，被困境围绕的大古在得知了队长失踪的消息后向宗方请战，宗方回忆往昔告诉大古他已做得足够多了，不应该继续承担这个任务，他劝说大古回归普通人的生活。随后，大古为了解黑暗迪迦的真相，前去TPC的仓库寻找原来幽怜留在地球的时光机器，但时光机器在播放完这一段黑暗迪迦与卡蜜拉、达拉姆和希特拉一起破坏世界的影象后就自毁了。

就在这时，卡蜜拉、达拉姆和希特拉的人间体出现了，在攻击大古之后卡蜜拉说出了真相。3000万年前，地球上的巨人们在击倒了所有敌人之后，为了利益而开始了内战，最后只剩下他们四人称霸世界，但黑暗迪迦却在幽怜的劝说之下弃暗投明，将达拉姆的力量，希特拉的速度以及卡蜜拉的黑暗力量夺走并封印三人。因为非常爱着黑暗迪迦，同时也为了能打破幽怜的结界，卡蜜拉将黑暗的神光棒交给大古并表示她希望大古能够回到从前的样子并回到她的身边，重新称霸世界；后来三个人间体消失，而跟踪并一直在外面偷听的丽娜听到这里冲了进来，但只看到了晕倒在地的大古以及地上的一支黑色神光棒。

在医务室，昏迷中的大古的意念来到了露露耶，幽怜告诉大古，在三大巨人复苏的同时，她放出了结界阻止他们；而结界的寿命为100年，如果大古重新拿起黑暗的力量变身，那么结界就会消失；幽怜又告诉大古人类的命运会如何，只能自己去寻找答案。大古随后醒了过来，看到丽娜在自己身边，向丽娜道歉，并且告诉丽娜一切并说自己必须要去救队长。

为救出居间队长，也为了结这一段恩怨，大古孤身前往露露耶。丽娜见状归队GUTS，而泽井总监也批准了GUTS的新作战计划，两路人马一齐冲向露露耶。

大古到了露露耶，受到了卡蜜拉、达拉姆和希特拉人间体的欢迎，希特拉嘲笑大古不如不来，这样人类还能再活100年而他也能过自己想过的生活，卡蜜拉现身后向大古示好并让他和他们一起去破坏世界。大古却怒斥三人并向三人发起挑战，随后变身黑暗迪迦；就在此时，结界也被他的黑暗气息打破了，而且露露耶也爆发出了比加坦杰厄出现时更强的黑暗能量，蔓延全球。首先被TPC的科学家中岛发现了波动的异常，而还未进入TPC、正在上学的绿川麻衣及同伴也目睹天空被黑暗吞没的场面，在办公室看到一切的泽井总监也陷入了担心之中。

与此同时，GUTS的亚格迪斯号和大批佐加开战，但逐渐不支，幸而吉冈局长命令一支新兵（未来的SUPER GUTS的队长喜比刚助、副队长幸田敏行、队员假屋狩矢和队员由美村良）前来支援才转危为安。

露露耶内，迪迦为了人类未来的美好生活，分别与达拉姆、希特拉展开对决，对战中重新得到了达拉姆的力量和希特拉的敏捷并将他们击败。而且，居间队长也依靠宗方指挥送给她的护身符拿到了掉在洞中的引爆器，引爆炸药消灭了佐加的巢穴，随后宗方打死了最后一只佐加并救走了居间队长。而迪迦也和卡蜜拉开战，虽然为了保护丽娜而被攻击的迪迦成功吸收了卡蜜拉的能量将自己的黑暗力量转化为光明的力量，但卡蜜拉却召唤出超古代的所有黑暗力量并结合了加坦杰厄的怨念使自己融合成了恐怖的暗黑魔超兽迪莫杰厄，迪迦和迪莫杰厄在使用光线的对决中被击倒。这时奇迹出现了，长眠在超古代文明遗迹的巨人们将自己的光芒给予了迪迦，迪迦奥特曼变成了闪耀形态，迪莫杰厄利用触手将闪耀迪迦吞入黑暗之中，但闪耀迪迦却爆发了光明的力量消灭了迪莫杰厄，天空开始再次恢复光明但遗迹却开始坍塌，而且闪耀迪迦也不见了踪影。

见此丽娜不顾一切驾机回到遗迹誓与大古同生共死，但大古却传来了意念让她离开并好好活下去，伤心的丽娜只得回到了亚格迪斯号逃生。

大古在遗迹中找到了奄奄一息的卡蜜拉人间体，卡蜜拉告诉大古其实她也渴望光明；在大古握住了卡蜜拉的手后，卡蜜拉含笑而逝。之后，露露耶再一次沉入了海中，从此超古代所有的光明和黑暗全部消失，地球恢复了平静。

大古最后和丽娜在教堂重逢。一年后，已经结婚的夫妻二人参加了火星移民计划，研究植物种植。在去航班的路上，有一个刚进入TPC的年轻人向大古和丽娜脱帽行礼，那人便是未来的戴拿奥特曼—飞鸟信。大古看出了他的特异，随后在心里默默祝福了他，踏上了去火星的旅程。