学院共开设三个班次,一是初级军官参谋班,每年6期,每期2个月,对象为海军学院毕业的初级军官;二是函授班,学制6个月,对象因工作原因不能入该院的中、上尉军官;三是参谋班,每期25~30人,学制10个月,对象为军龄10~18年的优秀军官。课程有参谋技能、军事战略、巴基斯坦及军队、海战研究、国防经济与决策、国防关系、国际法与海洋事务、海军经费管理、科学技术、伊斯兰教研究等,毕业后发给卡拉奇大学军事研究证书。
巴基斯坦海军参谋学院注重培养学员的研究能力。学院只给学员出课题,提供图书资料,间或聘请地方教授、政府官员、高级军官作必要的讲授,学员主要靠自学和认真钻研完成学习任务。学院把战术研究作为教学的重点内容,不仅研究本国的海军战术,还研究世界各国的海军战术。
学院还注意培养学员的交际能力。学院组织毕业学员拜会政府要员、军种司令和出国参观见学等,以提高军官的交际能力。