花瓶屿距离基隆东北方约65公里处海域,位于东经121度59分,北纬25度29分,与棉花屿相去不远;面积约3.08公顷,主岛东西长不超过180公尺,宽约80公尺,最高点海拔为51公尺。
花瓶屿由于周围为岩石地形而无法登陆,故无人居住;国民政府时期亦将花瓶屿列入军事管制区,花瓶屿及棉花屿已经被经中国基隆市政府公告为野生动物保护区。