曾任江苏省人大法制委员会委员。
1978年至1982年,在南京大学哲学系读本科。
1982年至1984年,在南京工学院自然辩证法研究室读研究生,获哲学硕士学位。
1984年07月,留校任教,先后任南京工学院自然辩证法研究室主任,哲学与科学系直属党支部书记,文学院总支副书记等。
1991年03月,任南京工学院校党委宣传部副部长。
1992年,任南京工学院校党委宣传部部长。
1996年01月至1997年01月,在美国马里兰大学政府与政治学系做访问学者。
1997年01月,任南京工学院校长办公室主任。
1998年05月,任东南大学党委副书记兼副校长,人文社会科学学院教授。
2001年08月,任南京工业大学党委书记、省政协委员。
2006年至2017年07月,任苏州大学党委书记、常委、委员。
2017年02月,任江苏省人大常委会委员。
2017年2月10日,江苏省十二届人大五次会议,选举王卓君为省十二届人大常委会委员。[1]
2017年7月5日,苏州大学全校干部大会决定,免去王卓君的苏州大学党委书记、常委、委员职务。[2]
2021年1月15日,江苏省第十三届人民代表大会常务委员会第二十次会议通过,决定免去王卓君的省人大法制委员会委员职务。[3]
先后为本科生、研究生开设的主要课程有:自然辩证法、西方哲学史、文化人类学、科学创造心理学等,先后发表各类学术论文40余篇及著译作百万余字。代表著作有《文化视野中的政治系统》、《科技创造心理学》、《科学认识论史》等,在商务印书馆出版的代表译作有《文化与社会人类学引论》、《科学技术对文化的挑战》。