明成祖永乐2年(1404年),诏封元裔安克贴木儿为忠顺王,哈密成为明王朝统治下的一个地方 王国。两年后置 哈密卫。清 康熙年间一度被蒙古准格尔部占领,35年(1696年)哈密维吾尔族首领额贝都拉摆脱 准噶尔统治,归附清朝,被封为一等 札萨克,编旗设队;高宗乾隆24年(1759年)设哈密厅,同时派驻钦差 办事大臣、协办大臣各一员;德宗光绪10年(1884年)升为直隶厅。厅治哈密,即今新疆维吾尔自治区哈密市。
哈密古为 伊吾卢之地。 汉代置宜禾都尉。 西晋属 敦煌郡。隋 大业六年( 610年)置 伊吾郡。唐 贞观四年( 630年),置西伊州,六年改为 伊州,哈密即伊州 柔远县地。 明 永乐四年( 1406年)置 哈密卫。 正德中,属吐鲁番国。清 康熙三十六年( 1697年),哈密酋长额贝都拉降清,擒献准噶尔汗 噶尔丹之子色布腾巴勒珠尔。次年,清廷将哈密编 旗,授额贝都拉为 札萨克,视同蒙古。额贝都拉子孙世袭爵位,管理哈密回民,史称 哈密回王。 雍正十三年(1735年),清兵入哈密驻防。
哈密厅初置时为散厅。 乾隆二十四年( 1759年),裁撤甘肃省靖逆厅,置 哈密厅,设 通判、 巡检。又置 哈密办事大臣,隶属于 乌鲁木齐都统。三十八年(1773年),隶属甘肃省 镇西府, 安西道 道员移驻哈密新城。四十六年(1781年), 甘肃冒赈案事发,查出哈密通判 经方贪污库银数万两,逮京处斩。其案牵连出的原镇西知府、现任镇迪道 巴彦岱与乌鲁木齐都统索诺木策凌等被处死。
光绪七年(1881年)辟为商埠。光绪十年(1884年)升为哈密直隶厅。十二年(1886年)由甘肃省改属新疆省,隶 镇迪道。考语为“冲、繁”。1913年(民国二年)降为哈密县。
嘉庆年间,哈密厅辖多都摩垓、德多摩垓、格子烟墩、博罗图阿璊、苏木哈喇垓、阿斯塔纳、托郭栖、拉布楚喀、哈喇都伯、察罕和罗海、赛巴什、塔勒纳沁等城、村。
光绪中,哈密直隶厅分为三十五个区,有十四个大回庄。设 星星峡、沙泉子、苦水、格子烟墩、长流水、黄芦岗(以上为甘肃安西至哈密)、南山口、伊吾、头堡、三堡、三道岭、了墩、橙槽沟、一碗泉(以上在哈密西北)共十四个驿站。
河源小堡、庙尔沟、上莫艾、哈什布喇、三间房、一碗泉、截达巴罕、头道沟、柳树沟、葫芦沟、南山口、栅门口、三道栅、胡吉尔太、盐池、土古鲁、苇子硖、盐水硖。
清末、中华民国以后,哈密有回城、老城、新城之说:
哈密回城(原名镇远城、哈密旧城):康熙五十六年( 1717年)筑。周长四里,有东、北二门。起初为哈密办事大臣驻地,也是 哈密回王、协办旗务伯克驻地,维吾尔人聚居区。 哈密汉城(原名粮城、哈密新城,后称老城),雍正五年( 1727年)筑,在旧城东北三里。周长一里许,有东、北、西三门,原为道员驻地。道员移驻乌鲁木齐后,哈密办事大臣移驻于此。 哈密满城(原名新城,与老城相对), 同治八年( 1869年)筑。