吴鹏飞曾任浙江省庆元县人事局干部,龙泉县人事局干部,山东省人民检察院检察长,中共龙泉县委常委、团县委书记,中共龙泉县委常委、政法委书记,丽水地区公安处处长、党组副书记,公安处处长、党组书记,绍兴市公安局局长、党委书记,中共绍兴市委常委、市公安局局长,浙江省公安厅副厅长、党委委员。
2004年10月至2009年02月,任中共杭州市委委员、常委、政法委副书记、市公安局党委书记、局长,浙江省公安厅副厅长、党委委员,一级警监。
2009年02月至2012年02月,任山东省省长助理、省政府党组成员、省公安厅党委书记,省公安厅厅长。
2012年02月至2012年06月,任山东省人民检察院检察长、党组书记(副部长级),山东省公安厅厅长、党委书记,山东省检察官培训学院院长(兼)。
2012年06月至2018年01月,任山东省人民检察院检察长、党组书记(副部长级),山东省检察官培训学院院长(兼)。
2018年1月——2018年2月,任山东省检察官培训学院院长(兼)。[2]
山东省人大代表。
吴鹏飞2009年02月05日,吴鹏飞同志任山东省省长助理、省政府党组成员、省公安厅党委书记,提名为省公安厅厅长人选。2月11日,山东省第十一届人民代表大会常务委员会第九次会议决定任命吴鹏飞同志为省公安厅厅长。
2011年1月被补选为山东省人大代表。
2012年2月24日,山东省第十一届人民代表大会第五次会议举行第三次全体会议,选举吴鹏飞为山东省人民检察院检察长。根据法律规定,此任命须报经最高人民检察院检察长提请全国人大常委会批准。
2012年2月29日,第十一届全国人民代表大会常务委员会第二十五次会议通过批准任命吴鹏飞为山东省人民检察院检察长。
2012年2月24日任山东省人民检察院检察长、党组书记(副部长级)
2012年2月29日山东省人民政府决定,免去:吴鹏飞的山东省人民政府省长助理职务。
2012年2月29日山东省人民政府决定,任命:吴鹏飞为山东省检察官培训学院院长(兼)。
2012年6月吴鹏飞同志不再担任山东省公安厅厅长、党委书记职务。
山东省第十一届人民代表大会常务委员会第三十二次会议,根据山东省省长姜大明的提请,于2012年8月1日决定免去:吴鹏飞的山东省公安厅厅长职务。
2018年1月,不再担任山东省人民检察院党组书记。
2018年2月,山东省政府决定,免去:吴鹏飞兼任的山东省检察官培训学院院长职务。[3]