曾担任国家商检局副处长、处长,国家出入境检验检疫局认证监管司副司长,国家认证认可监督管理委员会认证监管部主任。
2005年任国家认证认可监督管理委员会总工程师、党组成员。
2013年任国家认证认可监督管理委员会副主任、党组成员。
2017年11月,刘卫军任武汉市经济和信息化委员会(武汉市中小企业发展局)副主任(副局长)(挂职)。
2018年任国家认证认可监督管理委员会副主任,党组副书记。
刘卫军同志分管注册管理部、国际合作部。