自1989年起,吴卫军先生曾先后在普华永道香港、上海、纽约、悉尼、北京和伦敦等地,向金融行业客户提供专业服务。2002年,吴卫军先生参与并领导设计了适合中国国情的“银行改革路线图”,在公司治理、财务报告和资本重组三大领域,为深化银行改革提供蓝图。2008年至2009年国际金融危机期间,他被借调至英国金融监管局工作,参与银行体系危机成因、业务模式演变及监管改进方案建议的调研和国际协调工作。2011年4月起,担任普华永道北京主管合伙人。2011年7月起,担任普华永道香港/中国管理委员会委员。
吴卫军先生还担任普华永道中国公共政策及监管事务领导合伙人和中国金融服务业市场领导合伙人。