1983年09月—1987年06月,南京中医学院(现南京中医药大学)学习;
1987年09月—1989年09月,南京市江宁县中医院医护人员;
1989年09月—1992年06月,南京中医学院(现南京中医药大学)中医外科专业学习,攻读硕士研究生;
1992年07月—1993年02月,江苏省人大教科文卫委办公室办事员;
1993年02月—1994年04月,江苏省委驻泗洪扶贫工作队成员;
1994年04月—2002年04月,江苏省人大教科文卫委办公室副主任科员、主任科员、助理调研员、调研员(期间:1997年10月,取得南京大学经济学硕士学位);
2002年04月—2010年04月,江苏省丹阳市副市长、党组成员(正县级);
2010年04月—2011年11月,南京市旅游园林局副局长、党组成员;
2011年11月—2015年10月,南京市人民政府副秘书长;
2015年10月—2016年05月,南京市机关事务管理局局长;[1]
2016年05月—2016年12月,南京市机关事务管理局局长,南京市玄武区委副书记、政府区长人选;
2016年12月—2019年01月,南京市玄武区委副书记、政府区长;
2019年01月—2020年04月,南京市投资促进局局长;[2]
现任南京市卫生健康委员会党委委员,南京鼓楼医院党委书记、院长。
2016年12月29日,南京市第十五届人民代表大会常务委员会第二十九次会议通过,免去穆耕林的南京市机关事务管理局局长职务。[3]
2019年1月12日,南京市第十六届人民代表大会常务委员会第十二次会议通过,决定任命穆耕林为南京市投资促进局局长。[2]
2020年4月24日,南京市第十六届人民代表大会常务委员会第二十二次会议通过,决定免去穆耕林的南京市投资促进局局长职务。[4]
2021年1月16日,南京市人民政府研究决定,穆耕林任南京鼓楼医院院长。[5]