出现明显的头部,中枢神经系统成管状,前端扩大为脑,其后方分化出脊髓。大多数种类的脊索只见于发育早期(圆口纲、软骨鱼纲和硬骨鱼纲例外),以后即为由单个的脊椎骨连接而成的脊柱所代替。
原生水生动物用鳃呼吸,次生水生动物和陆栖动物只在胚胎期出现鳃裂,成体则用肺呼吸。除圆口纲外,都具备上、下颌。循环系统较完善,出现能收缩的心脏,促进血液循环,有利于提高生理机能。用构造复杂的肾脏代替简单的肾管,提高排泄机能,由新陈代谢产生的大量废物能更有效地排出体外。
繁殖有3种类型,分别是卵生、卵胎生或胎生。
该亚门包括圆口纲、软骨鱼纲、硬骨鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲和哺乳纲。