金代建立昌州府(位置在今天的九连城镇,尚有残存遗迹),此地才第一次在历史上凸显出来。
元初,沿袭宋金旧制,仍称昌州,属宣德府(河北省宣化区)。延佑六年(1319年),置宝昌州,属兴和路北境。宝昌州在元代很兴盛,曾经建有广国禅寺和大宫馆,这在文献记载中的《宝昌州修建宫庭记》残碑与广国禅寺残碑,都可窥概貌。
明朝时,宝昌州改为宝昌县。永乐二十年(1422年),兴和路被蒙古人阿鲁台攻破,只好迁往宣化府,兴和城变成了废墟。明朝中叶以后,宝昌县全境被游牧部落占领,成为蒙古人的游牧地。
清康熙十四年(1675年),属察哈尔八旗游牧地。1675年至1684年,清廷从察哈尔左翼四旗(正蓝旗、镶白旗、正白旗、镶黄旗)抽调牧丁到喀喇尼墩井(贡宝拉格苏木五旗敖包附近)建立太仆寺旗左翼牧场,属太仆寺衙门,专供皇室御用军马、肉食和祭祀用品,是察哈尔十二旗群之一。
1918年,由正白旗东部及左翼牧场各一部置宝昌招垦设治局,把炮台营子一带改叫太仆寺左翼牧场。
1925年,改宝昌设治局为宝昌县,隶属于察哈尔特别行政区。
1936年,日军与伪察哈尔盟公署将太仆寺左翼牧场改名为太仆寺左旗,驻地在炮台营子。随后将宝昌县与沽源县合并成宝源县,驻地在宝昌镇。
1950年8月,宝昌县与沽源县分开,宝昌县划归察哈尔盟,察哈尔盟公署迁至宝昌镇。
1956年9月,撤销宝昌县建制,原宝昌县与太仆寺左旗合并成太仆寺旗。
1958年9月,撤销察哈尔盟建制,大部分政区并入锡林郭勒盟,盟公署迁往锡林浩特,太仆寺旗隶属锡林郭勒盟。