水解酶是以“(底物)水解酶”这种格式来命名。但是,一般的名称却是“(底物)酶”,例如核酸酶就是一种水解酶分解核酸。
水解酶在EC编号中分类为EC 3,并以它分解的键再细分为几个子类:
EC 3.1:酯键(酯酶)
EC 3.2:糖(糖基酶)
EC 3.3:醚键
EC 3.4:肽键(肽酶)
EC 3.5:C-N键,但不包括肽键
EC 3.6:酸酐
EC 3.7:C-C键
EC 3.8:卤键
EC 3.9:P-N键
EC 3.10:S-N键
EC 3.11:S-P键
EC 3.12:S-S键
EC 3.13:C-S键