早在 1920年代, 油麻地小轮曾经开办一条由 中环往 大澳的 渡轮航线,途中经 青衣、 荃湾、 汀九、 青山湾等地。但航线较迂回,航程需2至3个小时,而且每天只开一班。此航线乃 屯门最早到港岛的交通。
屯门新市镇落成后,对交通的需求十分殷切。为舒缓 屯门公路的负担,小轮公司看准屯门至港岛的需求,于 1981年 10月19日从该航线中分拆出新线,往来 中环至屯门,全线采用 水翼船行走,每天早上至傍晚提供服务;而香港政府先于 1981年于 友爱邨的南面(即现时丰景园附近)兴建临时 码头,香港政府及后决定于 蝴蝶湾一个永久 渡轮码头,并于 1986年 11月落成启用。初期 码头提供往 中环之飞翔船服务,往中环仅需40分钟,受到当地居民的欢迎。更成为 新界航线中最多客量及营收最高的一条,因此到后期不但增设双体船服务,更增添 屯门至 湾仔,以及 中环至 黄金海岸的航线。 1991年, 屯门区的地区人士已倡议在屯门 码头开办 澳门航线,但当时政府以码头空间不足、投资额过高,以及当时跨境码头
未达饱和等原因拒绝建议。然而,随着 中环码头搬迁,加上 1997年 西区海底隧道落成后,途经西区海底隧道往 香港岛的九巴960线(来往 屯门 建生邨至 湾仔码头,经良景、大兴、屯门市中心、 屯门公路、 汀九大桥、长青隧道、 西九龙快速公路、 上环、 中环及 金钟)及 过海隧道巴士961线(来往 山景邨至湾仔会展,经屯门大会堂、安定友爱商场、海典轩、屯门公路、汀九大桥、长青隧道、西九龙快速公路、上环、 中区、金钟)投入服务后,大大缩减来往屯门及香港岛的时间,而且收费较 渡轮低廉(当时渡轮的收费是港币20多元,而且未包括转乘轻铁的费用),再加上毋须转车的方便,故此抢去绝大部份渡轮乘客,导致香港小轮于1999年4月1日起改由信德船务接办,不过客运量未有改善。另外 城巴 过海隧道巴士962线系路线(往来 屯门南部至 香港岛)于 1998年上半年的开办,令 渡轮的客量更雪上加霜,最后支持不住,航线最终于 2000年7月永久停航,接近80年的屯门至 中环的渡轮服务历史正式划上句号。
愉景湾航运也曾经在此开办来往赤鱲角 码头及东涌发展码头的航线,后于 2003年停航并由新 渡轮接办,于 2004年因赤腊角码头停用而改为东涌来往 屯门,并于 2008年停办。
新 渡轮也曾经在此开办来往 屯门、 东涌、 沙螺湾、 大澳之渡轮服务的航线,后于 2008年改由富裕小轮迎辨,同时改由慧丰园公众 码头上落。
2009年3月23日,富裕小轮营运的 屯门往来东涌航线改由屯门 码头上落。
屯门 码头东面泊位原为 新世界第一渡轮开办的屯门往来 东涌的渡轮服务,由于严重亏蚀,因此已于 2008年 7月1日起停办,同年 9月16日起由富裕小轮原有屯门至 大澳(经 东涌、 沙螺湾)航线加开屯门至东涌直航班次提供。其余3个则为西北航运往来 珠海 九洲港(已停航)及 深圳 蛇口的跨境 渡轮服务。
2003年,香港政府终于决定发展 屯门 码头成为香港第三个跨境码头,并于年底公开招标,最后由西北航运投得,初期会开办往 澳门之航线,长远则扩展至珠江三角洲。而 码头的改建工程经过多番延误后,最终于2005年6月23日正式开始,并预计于2006年3月完成。届时 码头将会有3个泊位,每小时可处理800名过境旅客。
2003年,香港政府终于决定将 屯门 码头发展成为香港第3个跨境码头,并于年底公开招标,最后由西北航运投得,原计划开办往 澳门航线,但澳门特别行政区政府港务局基于外港码头泊位不吹等技术和安全考虑,否决该项申请。由于申请不获批准,承办商西北航运改办至 珠海九洲港的海上客运航线服务。该 码头长远计划是把航线则扩展至 珠江三角洲,亦坚持要成功开办 澳门航线。
而 码头的改建工程经过多番延误后,最终于 2005年 6月23日正式开始,并于 2006年9月初完成, 2006年 11月3日开幕, 11月4日正式启航。跨境 码头有3个泊位,每小时可处理800名过境旅客。
上市公司九洲发展与母公司 九州港务分别持有49%及51%的珠海高速客轮,与另一上市公司奥玛仕控股姊妹公司西北航运结成联盟,并于 11月4日开办来往 屯门至珠海九州港航线。九洲发展已斥资4,000万元为该航线添置两艘高速客轮“海弛”、“海琨”及提供船员,而西北航运则负责投资 码头配套。珠海高速客轮计划再斥资4,000万元购入两艘高速客轮,以应付未来 屯门至 澳门航线的需求。
2007年 6月15日,西北航运再增添一绦由 屯门往来蛇口的航线。
但在 2007年 10月10日,西北航运宣布于 10月11日起暂停营运往返 屯门至珠海的航线,直至另行通知为止。而往来 屯门与蛇口之 渡轮服务,则维持不变。
在 屯门 码头旁边的海翠花园地面层,是一个公共交通交汇处,内有巴士及轻铁总站。
屯门码头巴士总站
59A 屯门码头 ↔ 深水埗( 钦州街)
59M 屯门码头 ↔ 荃湾铁路站 59S 屯门码头 → 旺角(西洋菜街) 只限平日黎明时分特别班次
59X 屯门码头 ↔ 旺角东铁路站
259B 屯门码头 ↔ 九龙铁路站 只限平日繁忙时间服务
N260 屯门码头 ↔ 美孚 通宵服务
B3 屯门码头 ↔ 深圳湾口岸
506 屯门 码头 ↺ 友爱
A73 天富 ↔ 屯门 码头 只限平日和假日繁忙时间服务
K52 屯门站 ↔ 龙鼓滩
44 屯门码头 ↔ 上水站
44B 落马洲转车站 ↺ 屯门码头
44B1 落马洲管制站 ↺ 屯门 码头 通宵服务
47S 屯门码头 ↔ 旺角(弼街) 通宵服务 (注:各专线小巴在湖翠路上落)
轻铁的 屯门 码头总站,代号001,属单程车票第1收费区,共有6条轻铁路线在此站为总点站,包括:507 屯门码头总站 ↔ 田景 (经市中心站)
610 屯门 码头总站 ↔ 元朗总站 (经大兴、泽丰)
614 屯门 码头总站 ↔ 元朗总站 (经市中心站、杯渡站)
614P 屯门 码头总站 ↔ 兆康
615 屯门 码头总站 ↔ 元朗总站 (经良景、建生)
615P 屯门 码头总站 ↔ 兆康