基因水平转移(英语:Horizontal gene transfer,HGT),又称水平基因转移或基因侧向转移(英语:lateral gene transfer,LGT),指生物将遗传物质传递给其他细胞而非其子代的过程,例如:接合(英语:conjugation)、转导(英语:transduction)、转化(英语:transformation)与此相对,“基因垂直转移”指生物由其祖先继承遗传物质。遗传学一般关心更为普遍的垂直传递,但目前的知识表明,基因水平转移是一个重要的现象[1]。由于此现象的存在,使生物早期的演化关系更为复杂。
人工的基因水平转移属于基因工程的一种。