总段机关内设党委办公室、党委宣教科、党委老干科、纪委、工会、团委、养路计划科、工程科、财务科、审计科、劳资科、路政支队、收费科、行政办公室、总工办等科室。
甘南公路总段下属有合作、碌曲、玛曲、舟曲、迭部、临潭6个公路管理段、总段工程处(甘南新世纪路桥公司)、国道213线合郎路收费所、省道312线王达路收费所。
甘南公路总段职总段负责甘肃省甘南藏族自治州境内全长845.262公里国省干线公路及部分县道公路的建、养、管、收工作,其中高等级公路166.765公里,次高等级公路527.454公里,未铺装路面151.043公里。全线平均海拔在3000米以上,部分养护路段海拔在4000米左右。
甘肃省甘南藏族自治州合作市通钦街19号(原人民东街9号)