1950年10月1日,广东省钦廉军分区在合浦北海镇(今北海市)成立,辖独立第二十四团和4个县犬队。后组建独立第二十五团,抽调1个连驻守海岛为海防连。
1951年1月1日,钦廉军分区及海防大队划归广西。9月,改称钦县军分区。第四六0团调归钦县军分区领导。
1951年11月钦县军分区改称钦州军分区,机关由北海迁至钦州镇。12月,撤销独立第二十四、二十五团, 海防大队调归省公安总队。
1955年8月,钦州军分区划归广东省军区领导后,改为合浦军分区。
1959年1月,钦州军分区并入广东省湛江军分区。1965年8月重建钦州军分区,隶属广西军区,辖7个县(市) 人民武装部及守备部队、海岛独立守备营、北海水上运输队、合浦独立笫五营、 东兴指挥所。11月,海岛独立守备营扩编。
1967年3月,合浦独立第五营调归广西军区6969部队。
1969年5月,钦州军分区所属的守备部队、北海水上运输队划归合浦独立师。撤销东兴指挥所。
1970年1月,合浦独立师守备部队、北海水上运输队调归钦州军分区领导。
1980年5月,组建钦州工作站。
1985年8月,广西军区54252部队改编为钦州守备营交军分区领导。
历任司令员:
政治委员:
钦州市委书记、中共广西钦州军分区委员会委员、常务委员会委员、第一书记:林冠[1]
钦州市委常委,钦州军分区大校司令员、党委副书记:龙卷[1]
钦州军分区大校政治委员、党委书记:陈新[1]